Pamplona ha sido y es una importante ciudad de paso del Camino de Santiago. Hace su entrada en la ciudad por el puente de la Magdalena, para recorrer las calles del Casco Viejo pasando por algunos de sus monumentos más emblemáticos. El peregrino abandonará Pamplona por el puente de Acella sobre el río Sadar, camino de Cizur Menor. En su casco antiguo se conservan las dependencias restauradas de la iglesia de San Miguel Arcángel, antiguo monasterio sanjuanista y hospital de peregrinos hasta el año 1817.

Camino del alto del Perdón, la ruta atraviesa varios pequeños pueblos que cuentan con interesantísimas iglesias románicas. Destaca Gazólaz, cuya iglesia de primera mitad del siglo XIII sorprende por su atrio porticado, todavía de tradición románica pero ya con bóvedas góticas. Antes de llegar a Astráin se encuentran los templos románicos de Sagüés y Paternáin.

La ruta se dirige a continuación hacia Puente la Reina pasando por los pueblos del Valle de Valdizarbe, Legarda, Uterga y Muruzábal y finalmente la villa de Obanos, localidad ligada al Camino de Santiago por la leyenda medieval de San Guillén y Santa Felicia, que inspiró el llamado "Misterio de Obanos".